Sinopsis (Primera Temporada): Grisaia no Kajitsu se centra en la Academia Mihama, una escuela tipo prisión que se ha creado para preservar la fruta que cae muy lejos de su árbol. Allí viven cinco chicas, cada una con sus propios motivos para estar allí y vivir tranquilamente entre los muros de Mihama. Un día llega al instituto Kazami Yuuji, el primer estudiante masculino de la academia, y en Mihama se pierde completamente el equilibrio. ¿Es Yuuji lo que las chicas necesitan para poder recuperar sus vidas o acaso el peso de sus pasados será un muro demasiado grande como para superarlo? ¿Y si es el pasado de Yuuji el más duro de todos? Sinopsis (Segunda Temporada): La historia sigue inmediatamente después de los eventos de Grisaia no Meikyuu, con Kazami Yuuji detenido por ser sospechoso de involucramiento con una organización terrorista internacional, que ha conseguido entrar a las fronteras de Japón con una devastadora arma de destrucción masiva. Mientras tanto, en la Academia Mihama, a las estudiantes se les agota el tiempo ya que debido a problemas económicos la escuela cerrará dentro de un mes. Las chicas habían encontrado por fin su camino gracias a la ayuda de Yuuji, así que ¿se quedarán de brazos cruzados y esperar que el mundo cambie a su alrededor? ¿Y dejarán ir al hombre que cambió sus vidas sin intentar salvarlo? A medida que su fin en la Academia Mihama se acerca, Amane, Makina, Sachi, Yumiko, y Michiru llegan a una sola conclusión.
